El Club de Ciencia se organiza en dos grandes programas:
Programa de Autonomía. Los más pequeños (entre 13 al 17) organizan actividades, talleres, viajes y el día a día del club. Mediante la gestión de las actividades del club, los chicos aprenden a responsabilizarse y tomar sus propias decisiones.
Programa Mentor. Nuestros antiguos alumnos (estudiantes universitarios, graduados y posgraduados) ayudan a los adolescentes más jóvenes en sus investigaciones, así se convierten en mentores. Nuestros mentores tienen un profundo conocimiento de temas como Astronomía, Biología, Programación, Tecnología, Química o salud, pero necesitan que se les enseñe cómo trabajar con los más pequeños siguiendo el método de aprendizaje basado en preguntas de una manera no formal. Por lo tanto, los maestros ayudan a nuestros mentores en este nuevo papel realizando sesiones formativas dos veces al año (fines de semana)